Магия многих готовых систем очень крута, но когда она ломается — то ломается тоже круто. Например, в одном магазине у нас сломалось сохранение фильтров (выбрать было можно, но после сохранения все становилось как было).

Такую магию нужно лечить очень аккуратно, поэтому в начале смотрим что на самом деле сохраняется в базе данных. Возможен вариант как поломки сохранения, так и поломки вывода (т.е. все сохраняется, но не так выводится). Когда этот вариант мы отбросили — то начинаем уже ковырять сохряналку.
Включив дебаг (/lib/Varien/Db/Adapter/Pdo/Mysql.php) мы видим что идет сохранение, но не в ту таблицу атрибутов (варчар, хотя наши — инты). И вот он простой, но такой нужный удар молотком. Причины возникновения бага, как и обычно в магии, полупотеряны: атрибут создавался как «мультиселект» (варчар). Импортировался скриптом со значениями обычного селекта (инт), поэтому заметно стало только сейчас.