Продолжаем мучить базу данных магенты в своих корыстных целях. Принцип таких скриптов — просто, быстро, эффективно. Задача — упорядочить категории по порядку там, где его нет. Только у одной родительской категории. Помните, это все — примеры, всегда нужна адаптация под Ваши конкретные цели, либо, конечно же, Вы можете заказать такое же, но чуть-чуть другое, или совсем не такое, но такое же хорошее у нас)
$id) {
$index++;
DB::query('UPDATE catalog_category_entity SET position=' . $index . ' WHERE entity_id=' . $id);
DB::query('UPDATE catalog_category_flat_store_1 SET position=' . $index . ' WHERE entity_id=' . $id);
}