Для глубокого анализа «почему все не так» существует множество инструментов. Попробуем использовать новенький анализатор скорости PHP — Blackfire (выпуск от декабря 2014). Самое сложное в нем — поставить на хостинг (заметьте, вам нужно будет и клиент, и расширение для php ставить аккуратно и внимательно следуя инструкции. На виртуальном хостинге это вопрос, а на выделенном — все получается достаточно легко.
После этого мы можем или через расширение к хрому, или через консоль запросить урл сайта, подозреваемый в низкой скорости. Результатом будет интереснейший граф выполнения… Дальше подробнее на примерах и как все работает)